天津大学四川创新研究院李国良获国家专利权
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龙图腾网获悉天津大学四川创新研究院申请的专利基于序列特征矩阵的主从协同二代从头组装方法及系统获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN115547415B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-04-07发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202211336908.0,技术领域涉及:G16B30/20;该发明授权基于序列特征矩阵的主从协同二代从头组装方法及系统是由李国良;张也;陈建邦;刘原驰;陆嘉华;唐善雯;梁辰景;章璐;李美伊;杨诗宇设计研发完成,并于2022-10-28向国家知识产权局提交的专利申请。
本基于序列特征矩阵的主从协同二代从头组装方法及系统在说明书摘要公布了:本发明公开了基于序列特征矩阵的主从协同二代从头组装方法及系统,该方法包括如下步骤:S1:对测序文件进行基因解析获取自定义编号和碱基序列;S2:通过软磁盘阵列RAID实现碱基序列数据的管理;S3:计算每条测序序列reads的前后特征矩阵,并生成ID对接表;S4:采用多机并行的方式进行组装任务;S5:回帖补洞后输出二代测序数据的组装结果。本发明大幅提高了基因组装分析的生物信息学分析流程的速度,有助于生信分析人员以更快的速度、更短的时间获得准确的分析结果。
本发明授权基于序列特征矩阵的主从协同二代从头组装方法及系统在权利要求书中公布了:1.基于序列特征矩阵的主从协同二代从头组装方法,其特征在于,包括如下步骤: S1:对测序文件进行基因解析获取自定义编号和碱基序列; S2:通过软磁盘阵列RAID实现碱基序列数据的管理; S3:计算每条测序序列reads的前后特征矩阵,并生成ID对接表;步骤S3包括如下子步骤: S31:对每一条测序序列reads分别生成前后两个一维数值特征矩阵,以此来描述一条测序序列reads的特征值; S32:得到所有测序序列reads相应的特征矩阵后,采用DNN、压缩感知或数值快排方法生成ID对接表; 数值快排方法为:先将前后特征矩阵根据数值进行快排,根据设定的误差阈值,搜索前特征矩阵满足要求的后特征矩阵,或者根据后特征矩阵搜索满足要求的前特征矩阵,并根据匹配的前后特征矩阵的编号,生成ID对接表; S4:采用多机并行的方式进行组装任务;步骤S4包括如下子步骤: S41:初步组装,采用高度异步的方式组装小型重叠群smallcontig和SNP信息表; S42:图论组装,构建德布莱茵图组装重叠群contig和SNP信息表; S5:回帖补洞后输出二代测序数据的组装结果;步骤S5具体为:按照是否超过二代最长测序长度将图论得到的组装结果分为长短序列两个文件,先将长序列之间逐一进行滑动匹配,寻找长片段之间的重叠关系进而组装为更长的片段,再将剩下的短序列视为操作序列,逐一和长序列进行匹配,找到短序列的锚定位置,得到最后的组装结果。
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