电子科技大学长三角研究院(衢州)刘利获国家专利权
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龙图腾网获悉电子科技大学长三角研究院(衢州)申请的专利基于环挤压模型中转录因子序列预测CTCF染色质环的方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119207565B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-04-14发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202411103532.8,技术领域涉及:G16B30/00;该发明授权基于环挤压模型中转录因子序列预测CTCF染色质环的方法是由刘利;齐意萱;邹权;林昊设计研发完成,并于2024-08-13向国家知识产权局提交的专利申请。
本基于环挤压模型中转录因子序列预测CTCF染色质环的方法在说明书摘要公布了:本发明涉及一种基于环挤压模型中转录因子序列预测CTCF染色质环的方法。它解决了现有技术中染色质环预测方法可解释性有限且预测不准确的问题。它包括S1、构建数据集;S2、关键转录因子序列转化;S3、建立基于关键转录因子序列的CTCF染色质环分类模型;S4、模型评估。本发明的优点在于:仅用关键转录因子序列作为输入,能够实现对CTCF染色质环的预测。创新地将转录因子结合顺序编码为转录因子序列,利用自然语言的预训练BERT模型,解码转录因子序列,实现对CTCF染色质环的预测,提高预测准确率的同时,增强预测模型的可解释性。
本发明授权基于环挤压模型中转录因子序列预测CTCF染色质环的方法在权利要求书中公布了:1.一种基于环挤压模型中转录因子序列预测CTCF染色质环的方法,其特征在于,本方法包括以下步骤: S1、构建数据集; S2、关键转录因子序列转化; S3、建立基于关键转录因子序列的CTCF染色质环分类模型; S4、模型评估; 步骤S1包括以下步骤: S11、获取1Mb范围内的所有CTCF组合模式; S12、在所有CTCF对中筛选被Hi-C实验验证的染色质环作为正集; S13、移除正集PositiveSet和BinSet垃圾桶数据,剩下的即为负集池negative_pool; 步骤S11包括以下步骤: S111、首先将胰腺细胞分化SC-βorg阶段的所有CTCF在每个染色体内部两两组合; 步骤S12包括以下步骤: S121、剔除1Mb范围外的所有CTCF对,保留后者CTCF的起点坐标-前者CTCF的终点坐标,将该数据集称为1mb_ctcf_pairs,接着将所有的1mb_ctcf_pairs与Hi-C数据进行重叠分析,找出既包含在1mb_ctcf_pairs中又在Hi-C数据中有重叠的区域; S122、在重叠区域中选择具有最高峰值的CTCF结合位点,定义为正样本,即PositiveSet; 步骤S13包括以下步骤: S131、剩余的重叠区域数据被放入BinSet垃圾桶数据库; S132、从所有的1mb_ctcf_pairs中移除正集PositiveSet和BinSet垃圾桶数据,剩下的即为负集池negative_pool。
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