深圳百人科技有限公司王帅获国家专利权
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龙图腾网获悉深圳百人科技有限公司申请的专利一种模糊匹配的k-mer编码方式获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN116206687B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-05-01发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202211742526.8,技术领域涉及:G16B30/10;该发明授权一种模糊匹配的k-mer编码方式是由王帅;赵梓丞;陈银;贺小兰设计研发完成,并于2022-12-30向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种模糊匹配的k-mer编码方式在说明书摘要公布了:本发明公开了一种模糊匹配的k‑mer编码方式,涉及k‑mer编码方式技术领域,包括以下步骤:S1:构建三个映射将碱基转换成二进制数字;S2:构建哈希函数,将k‑mer编码为十进制的数字;S3:利用多个哈希函数对k‑mer进行重复编码;S4:使用哈希表存储本地数据中得到的k‑mer;S5:遍历参考基因组,得到参考基因组上每个k‑mer在哈希表中对应的计数。本发明容忍比对中的替换,即容忍由测序错误和多态性引起的错配,从而提高k‑mer匹配的灵敏度。通过三个映射将DNA序列中的碱基转换成二进制数字,再利用多个哈希函数对k‑mer进行编码,同时,利用不同的哈希函数为每个碱基分配不同映射以容忍更多的替换,在提高序列比对中的灵敏度的同时提高了k‑mer计数效率。
本发明授权一种模糊匹配的k-mer编码方式在权利要求书中公布了:1.一种模糊匹配的k-mer编码方式,其特征在于:包括以下步骤: S1:构建三个映射将碱基转换成二进制数字; 所述S1容忍在基因组比对中的替换,在每个映射中,每两个碱基映射到相同的值,即0或1; S2:构建哈希函数,将k-mer编码为十进制的数字; 所述S2在不同的位置随机挑选S1叙述的映射,将k-mer上所有碱基转换为二进制数字,再将该二进制数字转化为十进制数字; S3:利用多个哈希函数对k-mer进行重复编码; 所述S3在同一k-mer上使用三个哈希函数进行编码,对每个k-mer,每个位置在不同哈希函数中尽可能地分配不同的映射; S4:使用哈希表存储本地数据中得到的k-mer; 所述S4创建了一个大小为的数组,允许两个k-mer被映射到同一位置而导致的冲突出现; S5:遍历参考基因组,得到参考基因组上每个k-mer在哈希表中对应的计数。
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