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一种泛癌脑转移瘤的药物敏感性预测系统、方法和介质
本发明涉及生物信息技术领域,具体涉及一种泛癌脑转移瘤的药物敏感性预测系统、方法和介质。本发明的泛癌脑转移瘤的药物敏感性预测系统通过构建脑转移瘤样本的关键调控因子集合,预测脑转移样本对药物的敏感性。本发明的泛癌脑转移瘤的药物敏感性预测系统能够...
一种灵芝孢子粉细胞外囊泡实验结果分析方法及系统
本发明公开了一种灵芝孢子粉细胞外囊泡实验结果分析方法及系统,涉及数据分析的技术领域。通过引入趋势一致性分析与样本依赖特征识别机制,构建了面向高维组学数据和动物实验结果的趋势稳定性评估流程,不仅能够识别由极端样本、批次效应或仪器偏移引发的伪趋...
用于生成探针组合的方法、装置、设备、介质和产品
本公开的实施例涉及用于生成探针组合的方法、装置、设备、介质和产品。该方法包括获取针对基因区域的多个候选探针及针对多个候选探针中特征和脱靶风险指标。该方法还包括确定多个候选探针中的两个候选探针间的组合风险。该方法还包括基于针对多个候选探针中的...
一种无参考基因组物种的预测转录本筛选方法及装置
本发明属于生物信息学领域,具体涉及一种无参考基因组物种的预测转录本筛选方法及装置。针对现有软件和方法对伪转录本的识别能力不足、假阳性高的问题,提出了一种新的转录本筛选方法,步骤包括:获取输入数据、数据预处理、进行BUSCO保守基因匹配、进行...
RNA核糖和/或碱基修饰的从头测序方法
本发明涉及鉴别待测RNA序列中的核酸修饰的方法,该方法通过对完整的待测RNA序列以及单酶切和双酶切的实际酶切片段进行分子量检测,并与不含核糖和/或碱基修饰或包含部分核糖和/或碱基修饰的理论序列经同样酶的理论酶切获得的理论酶切片段进行分子量比...
基于多目标Pareto前沿的mRNA编码区优化方法
本发明公开了基于多目标Pareto前沿的mRNA编码区优化方法,包括:确定目标mRNA序列中的CDS区域为优化变量;基于优化变量生成初始种群;对初始种群中的每个个体分别计算多个适应度评价指标;基于适应度指标判断个体间的支配关系,筛选非支配个...
标记冗余基因数据的方法、系统及计算机可读存储介质
本申请公开一种标记冗余基因数据的方法、系统及计算机可读存储介质。该方法包括:将待标记的基因数据文件分成多个数据块,其中,待标记的基因数据文件经过基于测序读段起始坐标的排序处理。将冗余基因标记流程设置为多级并行流水线,冗余基因标记流程的每个执...
基于游离DNA寡核苷酸特征的孕早期子痫前期风险预警与分型方法
本发明涉及医学检测技术领域,具体涉及一种基于游离DNA寡核苷酸特征的孕早期子痫前期风险预警与分型方法。所述方法包括:获取孕早期孕妇血浆样本的低覆盖度全基因组测序数据;提取血浆游离DNA片段的末端基序序列;将末端基序序列转化为数值化特征向量;...
一种河流沉积物中侵染休眠细菌的病毒鉴定方法及其应用
本发明公开一种河流沉积物中侵染休眠细菌的病毒鉴定方法及其应用。本发明涉及微生物学及生物信息学技术领域,解决现有技术无法有效区分死菌DNA干扰、难以精准识别环境样本中休眠宿主以及病毒‑宿主匹配假阳性率较高的问题。本发明对河流沉积物样本进行叠氮...
一种基于深度学习的抗菌肽识别与多属性预测方法
本发明公开了一种基于深度学习的抗菌肽识别与多属性预测方法,涉及生物信息技术领域,包括以下步骤:获取原始氨基酸序列和活性标签,对所述原始氨基酸序列进行标准化预处理,生成标准化短肽序列;对所述标准化短肽序列进行三维构象预测和编码处理,并通过五视...
基因序列信息比对和校正方法、装置
本发明的目的在于提供一种基因序列信息比对和校正方法、装置,包括:输入待三代测序的数据;利用分半对比策略,对数据进行粗对比,得到粗对比后的数据;对粗对比后的数据进行解析,得到解析后的数据;并构建比对数据库;通过解析后的数据与比对数据库进行BL...
一种全基因组脱靶评估方法及其应用
本公开提供了一种评估基因组脱靶的方法,包括使用表观编辑工具对靶向位点进行甲基化和组蛋白修饰,并对所述修饰后的基因进行全基因组转录组测序、全基因组甲基化测序和CUT&Tag测序,其中CUT&Tag测序包含H3K4me3、H3K9ac、H3K2...
一种基于功能注释丰度序列的基座模型训练方法及装置
本发明涉及一种基于功能注释丰度序列的基座模型训练方法及装置。所述方法包括:S1,对基因组或宏基因组样本的开放阅读框进行功能注释;S2,统计各注释出现次数并按丰度降序构建序列;S3,将所述序列进行 token 化后输入基于 Transform...
基于三代测序的快速检测微生物的方法
本发明提出了一种快速检测微生物物种的方法,具体地,所述方法包括构建双水平数据库及对应的基因簇;基于所述数据库和所述基因簇构建参考矩阵X;将待测的三代测序数据与所述基因簇进行比对,以生成等价类,基于所述等价类和所述基因簇构建计数矩阵Y;基于所...
基于二代测序的快速检测微生物的方法
本发明提出了一种快速检测微生物物种的方法,具体地,所述方法包括构建双水平数据库及对应的基因簇;基于所述数据库和所述基因簇构建参考矩阵X;将待测的二代测序数据与所述基因簇进行比对,以生成等价类,基于所述等价类和所述基因簇构建计数矩阵Y;基于所...
遗传病变异筛选方法和相关设备
本申请实施例提供了一种遗传病变异筛选方法和相关设备,属于信息处理技术领域。该方法包括:获取受检者的临床表型信息;通过第一自然语言处理模型对临床表型信息进行中文特征向量化,得到中文向量化信息,以及通过第二自然语言处理模型对临床表型信息进行英文...
用于加速基因比对执行过程的系统及方法
本申请公开用于加速基因比对执行过程的系统及方法。该系统包括处理线程管理模块、一个或多个动态缓存和动态缓存管理模块。其中,处理线程管理模块被配置为将基因比对流程设置为多级流水线,基因比对流程的每个执行步骤对应所述多级流水线上的一个流水级,并为...
序列比对方法及其种子搜索方法及设备
本申请公开一种序列比对方法及其种子搜索方法及设备。其中种子搜索方法包括:基于参考基因组序列S构建索引结构,其中,所构建的索引结构包括FM‑Index索引以及TBWT数组、TOCC数组、CNT数组。从待比对的碱基片段中取出最后一个碱基作为初始...
干燥综合征模型小鼠B细胞免疫组库测序与亚群分析方法
本申请涉及分子免疫学与生物技术领域,尤其是涉及一种干燥综合征模型小鼠B细胞免疫组库测序与亚群分析方法。该方法包括:S1、样本制备:从目标自身免疫性疾病动物模型以及对照动物的预设组织中,制备单细胞悬液并对单细胞悬液进行B细胞富集处理,获得B细...
用于基因序列比对的方法及电子设备
本申请提供了用于基因序列比对的方法及电子设备,其中比对过程分为种子查找阶段和种子扩展阶段,在种子查找阶段为待比对的读段序列确定多个种子,在种子扩展阶段基于这些种子获取待进行比对的多个查询序列及其相应参考序列;将各序列的长度扩展SIMD指令的...
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