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一种河流沉积物中侵染休眠细菌的病毒鉴定方法及其应用
本发明公开一种河流沉积物中侵染休眠细菌的病毒鉴定方法及其应用。本发明涉及微生物学及生物信息学技术领域,解决现有技术无法有效区分死菌DNA干扰、难以精准识别环境样本中休眠宿主以及病毒‑宿主匹配假阳性率较高的问题。本发明对河流沉积物样本进行叠氮...
基于游离DNA寡核苷酸特征的孕早期子痫前期风险预警与分型方法
本发明涉及医学检测技术领域,具体涉及一种基于游离DNA寡核苷酸特征的孕早期子痫前期风险预警与分型方法。所述方法包括:获取孕早期孕妇血浆样本的低覆盖度全基因组测序数据;提取血浆游离DNA片段的末端基序序列;将末端基序序列转化为数值化特征向量;...
标记冗余基因数据的方法、系统及计算机可读存储介质
本申请公开一种标记冗余基因数据的方法、系统及计算机可读存储介质。该方法包括:将待标记的基因数据文件分成多个数据块,其中,待标记的基因数据文件经过基于测序读段起始坐标的排序处理。将冗余基因标记流程设置为多级并行流水线,冗余基因标记流程的每个执...
基于多目标Pareto前沿的mRNA编码区优化方法
本发明公开了基于多目标Pareto前沿的mRNA编码区优化方法,包括:确定目标mRNA序列中的CDS区域为优化变量;基于优化变量生成初始种群;对初始种群中的每个个体分别计算多个适应度评价指标;基于适应度指标判断个体间的支配关系,筛选非支配个...
RNA核糖和/或碱基修饰的从头测序方法
本发明涉及鉴别待测RNA序列中的核酸修饰的方法,该方法通过对完整的待测RNA序列以及单酶切和双酶切的实际酶切片段进行分子量检测,并与不含核糖和/或碱基修饰或包含部分核糖和/或碱基修饰的理论序列经同样酶的理论酶切获得的理论酶切片段进行分子量比...
一种无参考基因组物种的预测转录本筛选方法及装置
本发明属于生物信息学领域,具体涉及一种无参考基因组物种的预测转录本筛选方法及装置。针对现有软件和方法对伪转录本的识别能力不足、假阳性高的问题,提出了一种新的转录本筛选方法,步骤包括:获取输入数据、数据预处理、进行BUSCO保守基因匹配、进行...
用于生成探针组合的方法、装置、设备、介质和产品
本公开的实施例涉及用于生成探针组合的方法、装置、设备、介质和产品。该方法包括获取针对基因区域的多个候选探针及针对多个候选探针中特征和脱靶风险指标。该方法还包括确定多个候选探针中的两个候选探针间的组合风险。该方法还包括基于针对多个候选探针中的...
一种灵芝孢子粉细胞外囊泡实验结果分析方法及系统
本发明公开了一种灵芝孢子粉细胞外囊泡实验结果分析方法及系统,涉及数据分析的技术领域。通过引入趋势一致性分析与样本依赖特征识别机制,构建了面向高维组学数据和动物实验结果的趋势稳定性评估流程,不仅能够识别由极端样本、批次效应或仪器偏移引发的伪趋...
一种泛癌脑转移瘤的药物敏感性预测系统、方法和介质
本发明涉及生物信息技术领域,具体涉及一种泛癌脑转移瘤的药物敏感性预测系统、方法和介质。本发明的泛癌脑转移瘤的药物敏感性预测系统通过构建脑转移瘤样本的关键调控因子集合,预测脑转移样本对药物的敏感性。本发明的泛癌脑转移瘤的药物敏感性预测系统能够...
一种基于空间转录组的组织结构混乱程度评价方法、系统、设备及介质
本发明涉及生物医学技术领域,公开一种基于空间转录组的组织结构混乱程度评价方法、系统、设备及介质,包括:获取目标群体相同部位生物学样本的空间转录组测序数据;整合空间转录组测序数据,得到基因表达矩阵和坐标信息,进行位点类型鉴定,通过改进型简单线...
一种基于GCA和Shiny框架的作物杂交种预测平台系统
本发明公开了一种基于GCA和Shiny框架的作物杂交种预测平台系统,包括前端界面层、业务逻辑层、数据管理层和算法引擎层,本发明涉及农业信息技术和生物信息学技术领域。该基于GCA和Shiny框架的作物杂交种预测平台系统,工作效率显著提高,一站...
基于自蒸馏对比学习的蛋白质点突变效应零样本预测系统
本发明公开了一种基于自蒸馏对比学习的蛋白质点突变效应零样本预测系统,包括:数据导入模块、深度神经网络模型加载模块和突变效应预测模块。所述深度神经网络模型加载模块加载的深度神经网络模型由包含WDB模块和改进的Transformer模块的特征处...
蛋白质热稳定预测方法、预测模型训练装置及相关设备
本申请实施提供一种蛋白质热稳定预测方法、预测模型训练装置及相关设备。该方法包括获取初始待测序列及对应的突变待测序列;基于蛋白质预训练模型对初始待测序列和突变待测序列进行特征提取,得到初始待测序列对应的初始待测特征,以及突变待测序列对应的突变...
新生抗原分析
癌症免疫学为癌症治疗提供了有希望的新途径,但是验证待针对为靶标的潜在的新生抗原是成本高的且昂贵的。分析MHC结合亲和力、抗原加工、与已知抗原的相似性、预测的表达水平(作为mRNA或蛋白质)、自相似性和突变体等位基因频率,提供了使用测序数据鉴...
一种基于多维统计指数的空间转录组组织特异表达基因识别方法及其系统
本申请提供了一种基于多维统计指数的空间转录组组织特异表达基因识别方法及其系统,属于基因识别技术领域,该方法包括:获取多个基因分别在不同细胞中对应的基因表达数据,不同细胞属于不同类型的组织;基因表达数据为基于空间转录组处理后的数据;针对每一基...
一种高效筛选水稻耐碱基因的方法
一种高效筛选水稻耐碱基因的方法,涉及基因工程技术领域。本发明方法包括:对耐碱和碱敏感两个水稻品种进行幼苗培养和碱胁迫处理,找到两个水稻品种表型明显差异;在碱性胁迫后不同时间点进行水稻组织取样,对获取的水稻组织样品进行生长指标、生理生化指标、...
一种基于深度学习的RNA远同源检测方法及系统
本发明公开了一种基于深度学习的RNA远同源检测方法及系统,属于生物信息学领域,通过将RNA序列数据集划分为多个集合后构建包含远同源对的多个训练数据集,从而分别基于各个训练数据集对RNA远同源检测模型进行训练,得到多个模型变体,并基于独立测试...
一种HER2变异肺癌患者免疫细胞变化的分析方法和系统
本发明公开了一种HER2变异肺癌患者免疫细胞变化的分析方法和系统,该方法包括:采集外周血样本并进行单细胞RNA测序;对测序数据进行质量控制、标准化处理、降维和聚类分析;基于预设免疫细胞标志物对聚类结果进行免疫细胞亚群注释;利用配体-受体数据...
核酸适配体生成与筛选方法、装置、电子设备及程序产品
本申请适用于深度学习技术领域,提供了一种核酸适配体生成与筛选方法、装置、电子设备及程序产品。所述方法包括:将目标蛋白质输入蛋白质结构编码器,提取目标蛋白质的第一蛋白质特征;将引导条件和引导强度系数输入条件扩散模型,生成至少一个候选核酸适配体...
基于多组学数据的蜂王育种值评估与核心种群遴选方法
本发明公开基于多组学数据的蜂王育种值评估与核心种群遴选方法,涉及蜜蜂遗传育种与多组学数据应用技术领域,步骤为:获取候选蜂王基因组、肠道微生物组及宿主转录组数据;分析数据筛选抗病相关核心微生物标志物、免疫基因及菌‑基因互作网络特征;以这些特征...
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